For questions or suggestions e-mail us at: ioerger@cs.tamu.edu
NKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTITGFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKV KPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQRLPAEGPAVKRGVGASAAKKVAKKAPAKKATKAAKKAATKAPARKAAT KAPAKKAATKAPAKKAVKATKSPAKKVTKAVKKTAVKASVRKAATKAPAKKAAAKRPATKAPAKKATARR GRK*
Operon Prediction Model: Genebank
Paralogs
| species | id | gene | e-value | identity (len) | annotation |
| M. tuberculosis H37Rv | Rv2986c | hupB | - | 100% (214) | PROBABLE DNA-BINDING PROTEIN HU HOMOLOG HUPB (HISTONE-LIKE PROTEIN) (HLP) (21-KDA LAMININ-2-BINDING PROTEIN) |
| M. tuberculosis H37Rv | Rv0706 | rplV | 2e-09 | 42.73% (110) | 50S ribosomal protein L22 |
| M. tuberculosis H37Rv | Rv2703 | sigA | 4e-09 | 32.65% (98) | RNA polymerase sigma factor |
Closest Orthologs (e-value cutoff: 1e-4)
| species | id | gene | e-value | identity (len) | annotation |
| M. bovis AF2122 / 97 | Mb3010c | hupB | 1e-114 | 100.00% (214) | DNA-binding protein HU |
| M. gilvum PYR-GCK | Mflv_4225 | - | 2e-83 | 78.38% (222) | histone family protein DNA-binding protein |
| M. leprae Br4923 | MLBr_01683 | - | 2e-83 | 80.09% (216) | putative histone-like protein |
| M. abscessus ATCC 19977 | MAB_3292c | - | 2e-76 | 73.52% (219) | DNA-binding protein HU |
| M. marinum M | MMAR_1728 | hupB | 1e-101 | 92.73% (220) | DNA-binding protein HU, HupB |
| M. avium 104 | MAV_3836 | hup | 3e-86 | 80.91% (220) | DNA-binding protein HU |
| M. smegmatis MC2 155 | MSMEG_2389 | hup | 8e-88 | 80.18% (217) | DNA-binding protein HU |
| M. thermoresistible (build 8) | TH_3854 | - | 7e-18 | 54.84% (93) | PUTATIVE - |
| M. ulcerans Agy99 | MUL_1970 | hupB | 2e-98 | 87.77% (229) | DNA-binding protein HU HupB-like protein |
| M. vanbaalenii PYR-1 | Mvan_2137 | - | 4e-80 | 77.52% (218) | histone family protein DNA-binding protein |
CLUSTAL 2.0.9 multiple sequence alignment
Rv2986c|M.tuberculosis_H37Rv -----MNKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTIT
Mb3010c|M.bovis_AF2122/97 -----MNKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTIT
MMAR_1728|M.marinum_M -----MNKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTIT
MUL_1970|M.ulcerans_Agy99 -----MNKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTIT
MLBr_01683|M.leprae_Br4923 -----MNKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTIT
Mflv_4225|M.gilvum_PYR-GCK -----MNKAELIDVLTEKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGESVTIT
Mvan_2137|M.vanbaalenii_PYR-1 -----MNKAELIDVLTEKLGSDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGESVTIT
MAB_3292c|M.abscessus_ATCC_199 -----MNKAELIDVLTQKLGSDRRQATAAVEHVVDTIVRTVHKGESVTIT
MAV_3836|M.avium_104 MSEGLMNKAELIDVLTQKLNTDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTIT
MSMEG_2389|M.smegmatis_MC2_155 -----MNKAELIDVLTTKMGTDRRQATAAVENVVDTIVRAVHKGDSVTIT
TH_3854|M.thermoresistible__bu --------------------------------------------------
Rv2986c|M.tuberculosis_H37Rv GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQRL
Mb3010c|M.bovis_AF2122/97 GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQRL
MMAR_1728|M.marinum_M GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQRL
MUL_1970|M.ulcerans_Agy99 GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQRL
MLBr_01683|M.leprae_Br4923 GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVAGAQRL
Mflv_4225|M.gilvum_PYR-GCK GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQKL
Mvan_2137|M.vanbaalenii_PYR-1 GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQKL
MAB_3292c|M.abscessus_ATCC_199 GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPTFRPGAQFKAVVSGAQKL
MAV_3836|M.avium_104 GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVVSGAQRL
MSMEG_2389|M.smegmatis_MC2_155 GFGVFEQRRRAARVARNPRTGETVKVKPTSVPAFRPGAQFKAVISGAQKL
TH_3854|M.thermoresistible__bu -----------LSLGR----------------------------SGSR--
:.* :*::
Rv2986c|M.tuberculosis_H37Rv PAEGPAVKRGVGAS-AAKKVAKKAPAKKAT--KAAKKAA--TKAPARKAA
Mb3010c|M.bovis_AF2122/97 PAEGPAVKRGVGAS-AAKKVAKKAPAKKAT--KAAKKAA--TKAPARKAA
MMAR_1728|M.marinum_M PAEGPAVKRGVMASAAAKKAAKKAPAKKAATKTAAKKAA--TKAPAKKAA
MUL_1970|M.ulcerans_Agy99 PAEGPAVKRGVMASAAAKKAAKKAPAKKAATKTAAKKAA--TKAPAKKAA
MLBr_01683|M.leprae_Br4923 PLEGPAVKRGVATSAAKKAAIKKAPVKKAL----AKKAA--TKAPAKK-A
Mflv_4225|M.gilvum_PYR-GCK PAEGPAVKRGVAAASTARKAAKKAPAKKAAP---AKKTAAKKAAPAKKAA
Mvan_2137|M.vanbaalenii_PYR-1 PAEGPAVKRGVTATSTARKAAKKAPAKKAA----VKKAAPAKKAPAKKAA
MAB_3292c|M.abscessus_ATCC_199 PADGPAVKRGSTAAPAKRAAAKKAAPAKKAP---AKKAAPAKKAPVKKAV
MAV_3836|M.avium_104 PSEGPAVKRGVVGGAAKKTAAKKAPAKKAAAKKAPAKKAAAKKAPAKKAA
MSMEG_2389|M.smegmatis_MC2_155 PADGPAVKRGVTAG-PAKKAAKKAPAKKAAAKKTATKAA-AKKAPAKKAA
TH_3854|M.thermoresistible__bu ----PKAKK------AAKKTTRKAATKKAA-----------AKAPAKKTA
* .*: . : . :**. * **.:* .
Rv2986c|M.tuberculosis_H37Rv TK-APAKKAATKA---------PAKKAV-KATKSPAKKVTKA-VKKT---
Mb3010c|M.bovis_AF2122/97 TK-APAKKAATKA---------PAKKAV-KATKSPAKKVTKA-VKKT---
MMAR_1728|M.marinum_M TK-APAKKAATKA---------PAKKAVTKVTKAPAKKVTKATVKKT---
MUL_1970|M.ulcerans_Agy99 TK-APAKKAATKARAKKAATKAPAKKAATKVTKAPAKKVTKATVKKT---
MLBr_01683|M.leprae_Br4923 VK-APAKKITTAV-------------------KVPAKKATKV-VKKV---
Mflv_4225|M.gilvum_PYR-GCK TK-APAKKAAPAKKAA-------------PAKKTAAKKAAPA--KKAPAA
Mvan_2137|M.vanbaalenii_PYR-1 ----PAKKAA-VKKAA-------------PAKKAPAKKAAPA--KKA-AV
MAB_3292c|M.abscessus_ATCC_199 -----VKKAAPVKKA--------------PVKKAVVKKAAPV--KKA---
MAV_3836|M.avium_104 VKKAPARKAATKAPVR------------KAATKAPAKKVAAK--------
MSMEG_2389|M.smegmatis_MC2_155 TK-APAKKAATKAPAK------------KAATKAPAKKAATK--------
TH_3854|M.thermoresistible__bu -----AKKTA--------------------AKKTAAKKTTAK--------
.:* : * .**.:
Rv2986c|M.tuberculosis_H37Rv AVKASVRKA-ATKAPAKKAAAKR--PATKAPAKKAT-ARRGRK
Mb3010c|M.bovis_AF2122/97 AVKASVRKA-ATKAPAKKAAAKR--PATKAPAKKAT-ARRGRK
MMAR_1728|M.marinum_M AAKAPVRKA-ATKAPAKKAAAKR--PATKAPAKKATSTRRGRK
MUL_1970|M.ulcerans_Agy99 AAKAPVRKG-ATKAPAKKAAAKR--PATKAPAKKATSTRRGRK
MLBr_01683|M.leprae_Br4923 AAKAPVRKA-TTRALAKKAAVK------KAPAKKVTAAKRGRK
Mflv_4225|M.gilvum_PYR-GCK KKAAPAKKAPAKKAATKAAPAKK-APAKKAPAKKAP-AKRGRK
Mvan_2137|M.vanbaalenii_PYR-1 KKAAPAKKAPAKKAAVKKAPAKKAAPAKKAPAKKAP-AKRGRK
MAB_3292c|M.abscessus_ATCC_199 VTKAPAKKA-ATKAPAKKAATKA--PAKKAPAKKAP-AKKGRK
MAV_3836|M.avium_104 --KAPAKKA-ATKAPAKKAASKA--PARKAAAKKTT-ARRGRK
MSMEG_2389|M.smegmatis_MC2_155 ---APAKKA-AAKAPAKKAATKA--PAKKAAAKKAP-AKKGRR
TH_3854|M.thermoresistible__bu --KTAAKKT-AAKKTTKKAATKA--PAKKSAAKKAP-AKKGRR
:..:* : : .* *. * *:.***.. :::**: